Né le 27 juillet 1962, Jean-Stéphane Vachon est le fils de Gaëtan Vachon, industriel de Saint-Joseph-de-Beauce, et de Yolande Faucher, infirmière de Vallée-Jonction. Le 26 mai 1990 à Sainte-Marie, Jean-Stéphane Vachon épouse Doris Giguère de Saint-Joseph, maître de poste à Saint-Édouard de Frampton. Elle est la fille de Marcel Giguère et d'Antoinette Poulin. De leur union naît un fils, Samuel.
Jean-Stéphane Vachon obtient en 1982 un diplôme d'études collégiales en techniques administratives, option finance, au Séminaire de Saint-Georges. Durant l'été, il étudie la langue anglaise aux universités de Frédéricton, Victoria et York. S'intéressant à la photo depuis son jeune âge, il suit un cours de photographie avec Lucie Lefebvre, membre de la galerie VU de Québec, en 1984. Il obtient en 1988, un certificat en photographie commerciale à l'Institut Dawson de Montréal, où il apprend l'étude de la forme humaine, le portrait, la photo de mode, l'éclairage commercial, la reproduction d'art et le coloriage d'épreuves noir et blanc. En même temps, il obtient un certificat en management de l'Université McGill. À l'été 1988, il fait un court séjour comme assistant-photographe chez Michel Paquet, à Montréal, qu'il a connu en Beauce et qu'il considère comme son maître à penser en photo.
De 1982 à 1991, il travaille pour Plastiques BOVAC de Saint-Joseph, propriété de son père. Il débute au service à la clientèle, et par la suite, on lui confie le marketing, les communications et la gestion du personnel de bureau. En 1986, son père, Gaëtan Vachon achète d'Hydro-Québec la maison d'été du seigneur Thomas-Linière Taschereau, sise au 175 rue Taschereau, à Saint-Joseph. Jean-Stéphane Vachon participe, avec son père et toute une équipe, à sa restauration et à sa transformation en restaurant haut de gamme, Le Manoir Taschereau. De 1986 à 1989, il travaille au bureau de la compagnie à Montréal et il étudie. À son retour en Beauce en 1989, il siège au conseil d'administration de la compagnie à titre de directeur des communications et des services auxiliaires.
Il dispense des cours de photographie à l'Éducation des adultes à la Commission scolaire régionale de la Chaudière, depuis 1986, et au Centre d'art de Saint-Georges, depuis 1993. En septembre 1991, il ouvre au 165 Taschereau, à Saint-Joseph, son propre studio, Jean-Stéphane, photographe inc., qui offre les services de photographie de mariage, de mode, de portrait, et de photographie commerciale. Il devient aussi membre de la Société des photographes artisans de Québec. En octobre 1991, il fonde le « Club Photo de Beauce », qui regroupe 25 membres. Il y organise des activités jusqu'en 1997. Depuis 1993, il est photographe pigiste au Musée Marius-Barbeau de Saint-Joseph-de-Beauce, où il fait des photographies pour diverses expositions dont La Beauce, pays de légende et de volonté et L'architecture monumentale en Beauce. En 1992 et 1993, il travaille aussi comme photographe pigiste à la médiathèque et à l'animation des jeunes en atelier, au Musée d'art contemporain de Montréal.
En 1993, au moment de la création de la Bibliothèque intermunicipale de Saint-Joseph, il devient responsable de son équipe d'animation culturelle. Il monte, entre autres, des expositions thématiques dont, en 1997, Le costume et l'histoire en collaboration avec le Théâtre de la Corvée et en 1998, Le tartan, ce textile méconnu en collaboration avec le Musée Marius-Barbeau.